Kirken blev indviet i 1861 under overværelse af kong Frederik VII. Det nye Sankt Johannes Sogn, som blev skilt ud fra Trinitatis og Vor Frue Sogn, var et stort sogn, der omfattede hele Nørrebro og Østerbro - fra Ladegårdsåen til Hellerup og helt ud til Brønshøj.
Området var dog stadig tyndt befolket. Der boede kun 16.000 indbyggere i sognet, da kirken blev taget i brug, men i de efterfølgende år steg indbyggertallet drastisk. I 1885 boede der nemlig 60.000 mennesker i sognet, på trods af at Sankt Stefans, Hellig Kors og Sankt Jakobs sogne i mellemtiden havde fået deres egne kirker og var blevet skilt ud fra Sankt Johannes sogn.
Selve kirken er opført i gotisk stil med røde mursten, og tårnet med det kobberdækkede spir er 54 meter højt. Indvendig er kirkerummet præget af lyse marmorerede vægge og piller. Loftet og hvælvinger er lyseblå. Altertavlen med motivet ”Kristi himmelfart” er malet af kunstneren og professor ved Kunstakademiet Johann Ludwig Gebhard Lund (1777-1867) i årene 1845-1848. Alterbilledet blev opsat i kirken i 1862 – året efter indvielsen.
Kirkens orgel, der er bygget af orgelbygger P. G. Andersen og tegnet af arkitekt Bent Alstrup, er med 54 stemmer et af de største orgler i København.
Døbefonten af marmor blev skænket og udført af stenhugger Jochumsen, i forbindelse med kirkens opførsel i 1861. Selve dåbskanden er en gave fra 1861 og blev skænket af brændevinsbrænder Jean Wilians
Det antikke, nu forsølvede kobberfad, var skænket allerede i 1854 af pastor J.F. Fenger (1805-61). Det stammer fra Antvorskov slotskirke, som blev revet ned i slutningen af 1700-tallet.
Se billeder og video fra Sankt Johannes Kirke